Для реализации бонусной программы в плагине предусмотрена функция передачи оплаты бонусами как частичная оплата заказа.

Для этого в retailCRM нужно сначала создать тип оплаты "Бонусы":

После включения бонусной программы в магазине в настройках плагина будет доступна связь типа оплаты "Бонусы":

После этих настроек оплата бонусами будет передаваться как частичная оплата.